目前日本主要存在以下几个问题：
产业空洞化：1980年代以后，由于日元升值引发人力成本提高，许多工厂迁移到海外，导致产业空洞化现象。近几年，一些企业在日本设立研发中心和生产据点，以防止技术外流和保持竞争力。不少人提倡将企业迁回日本。金融效率低下，泡沫经济期间由于融资过剩而后续实际抵押品（房产和土地）价值遽减。银行因此负担巨大不良债权至今。
创业困难：比起欧美在日本创业较难，要探究原因，许多人会举出因为在日本只能向金融机关借钱。没有创业经验的人要向金融机关借钱相当难，即使借到钱，利率也很高，万一创业失败就必需背负大量负债。针对这问题，日本政府于2004年修改法令，建立起一元也可以创业及种种经营支援的体制，但是效果还是未知数。
贫富差距：资本主义常见问题日本社会也发生；由原来以中产阶级为社会主流，转变为富裕与贫穷两个极端。大前研一所著M型社会一书探讨日本此种怪现象，可能来自于全球化和产业升级结构，越中下层的人越遭到冲击，而富人阶级却没有遭到冲击甚至因而获利，导致阶级拉大，衍生出价值观崩坏和职场伦理瓦解等文化现象。
首都过密与地方过疏：由于工业，特别是出口贸易的高速成长。人口逐渐从农村流入到城市，特别是首都圈。产生了人口过疏的现象，而城市则出现人口过密。为此，日本建设了全国高速路网，在地方兴建医院和学校等公共设施。持续的大规模公共建设扭转了地方的衰退局面。
公共债务庞大：日本公债自2006年达八百三十二兆日圆（约七兆美元），约为GDP170%，北海道夕张市亦成为日本首个地方都市因过度扩张支出而宣布破产的政府机关。而近几年，日本国家债务一直呈现出一个有增无减的态势。从2014年债务余额的1143万亿日元道2015年，日本成为全球十大政府债务最高国，债务余额高达1104万亿日元。
劳动环境：而日本引以为傲的沿革性职场伦理和终身雇用制，随着泡沫经济和M型现象而崩溃，类似打零工的“派遣人力”也应运而生。虽然日本有亚洲相对完善的劳工退休计划，但是劳动环境持续恶化至今也是不争的事实。
而近几年来，日本的股市行情和日经指数呈现出一个不稳定的态势，波动较大。在2015年的3月13日，东京股市日经指数13日收盘上涨263.14点，报19254.25点，约14年11个月来首次收于19000点上方。但在今年的1月12日，受原油价格持续走跌，进一步打击投资者的风险承受能力，日本股市下跌。日经指数大盘下挫2.7%，报17218.96，创近一年的最低点。而在今年的4月28日，日本股市日经225指数又出现下跌趋势，报点16768.52，跌幅3.02%。从上面波动的日经指数看，日本经济还处在一个非常不稳定的状态，日本的滞胀现象还将持续。
产业外迁，国内经济空心化：从20世纪80年代后期的经济泡沫之后，日本大批企业开始走出国门，在海外快速发展。在1991—1995年，日元的大幅升值极大地影响了日本的出口业，出口的大幅衰退，使日本企业不得不寻求新的发展空间。而且在日元升值的背景下，海外资产的相对低价也给了日本国内投资者投资海外的难得机遇。日本政府开始制定了一系列支持日本企业走出去的战略。在2014年，日本对外净资产总规高达367万亿日元，同期日本现价GDP的规模为487万亿日元，而其对外净资产总规模超过GDP的75%。其中，以日本跨国企业为主体的私人部门在对外净资产中占比高达80%，占据绝对的主体地位。
虽然日本跨国制造企业大量发展，对外资产极其雄厚，但背后却隐藏着巨大的隐患。当一个国家一半以上的产业公司都出现了外迁现象，会导致其经济空心化。而在产业“空心化”的大趋势下，就算是采取法人减税的政策也不一定会促进企业投资回流。
